Вагиф Алиевич Алиев родился 14 апреля 1945 года в городе Кировабад Азербайджанской ССР в семье служащих. Отец-азербайджанец, мать-русская. Получил среднее образование в школе города Джульфа, Нахичеванской АССР. Имеет высшее военное и гражданское образования. Окончил Харьковский институт инженеров железнодорожного транспорта им. С.М. Кирова; высшую Краснознаменную школу КГБ СССР им. Ф.Э. Дзержинского; Краснознаменный институт КГБ СССР им. Ю.В. Андропова; институт государственной службы при Правительстве РФ.
Трудовую деятельность начал в службе связи, затем работал в таможне. Прошел срочную службу в рядах Советской Армии. Около 30 лет — в органах государственной безопасности, из них пять лет служил в Афганистане.
Находясь в Демократической Республике Афганистан, проходил службу в представительстве КГБ СССР в качестве советника при службе государственной информации Афганистана.
В январе 1981 года вместе с афганскими коллегами в провинции Балх участвовал в предотвращении мятежа контрреволюционной организации Исламская партия Афганистана. Более 500 членов контрреволюционного бандитского подполья были выявлены в подразделениях 18 пехотной дивизии, части «Царандоя» (МВД Афганистана), в различных государственных учреждениях, организациях, учебных заведениях.
В ходе оперативно-следственных мероприятий:
- в отношении 367 человек был установлен административный надзор или временное задержание без предъявления обвинения с целью предупреждения антиправительственной деятельности;
- 171 человек предстал перед Революционным судом ДРА, из них 38 человек были приговорены к высшей мере наказания, другие получили различные сроки тюремного заключения;
- командир, начальник штаба дивизии, командиры двух полков были заменены, осуществлена чистка и профилактика офицерского состава;
- исламской партии Афганистана (ИПА) был нанесен ощутимый урон.
Первое боевое крещение Вагиф Алиевич Алиев встретил в начале марта 1981 года в ходе проведения оперативно-войсковой операции в кишлаке Ташкурган уезда Хольм провинции Саманган. Ташкурган, по своим размерам и площадью, превосходящий некоторые провинциальные центры Афганистана, находился на автостраде Хайратон — Кабул. Бандгруппы совершали нападения на колонны с автотранспортом с народнохозяйственными и военными грузами. Через оперативные силы и средства выявлялись их намерения. Для предотвращения вооруженного грабежа, поджога транспорта и других диверсионных акций в районе кишлака Ташкурган была проведена ОВО (оперативно войсковая операция). Советские и афганские подразделения встретили упорное сопротивление бандформирований ИПА (исламская партия Афганистана), ИОА (исламское общество Афганистана) и ДИР (движение исламской революции). Большие потери понес батальон царандоя из провинции Джоузджан, 12 афганцев были убиты, 31 боец получил ранение. Вагиф Алиевич в ходе боевого соприкосновения с бандитскими формированиями, при чистке населенного пункта личным примером стойкости, мужества и отваги вдохновлял афганских коллег. В итоге было уничтожено 27 бандитов, 16 попали в плен. Захвачено 46 стволов стрелкового оружия. Было уничтожено 39 схронов с подземными проходами и т. д. лено 57 пособников афганской контрреволюции.
Проведенная операция на некоторое время стабилизировала обстановку вокруг кишлака Ташкурган, а также была укреплена народная власть.
С мая по октябрь 1981 года Алиев исполнял обязанности старшего оперативного советника в зоне «Север» - провинциях Балх, Джаузджан, Саманган, Фарьяб. В этот период афганская контрреволюция активизировала диверсионно-террористическую деятельность. 25 мая 1981 года бандгруппой ДИР в провинции Джоузджан были похищены два советских специалиста — Арбузов и Сухова. Все автодороги в ночное время стали контролироваться бандгруппами различной исламской партийной ориентации. Захваты уездных, волостных органов народной власти, террористические акции, предательство осложняли оперативную обстановку. Локальные оперативно-войсковые операции, охватывающие малые площади в провинции, серьезных результатов не давали.
Мармульско-Чаркентская крупномасштабная оперативно-войсковая операция началась 27 августа и завершилась 8 сентября 1981 года. В операции участвовали подразделения 18 и 20 пехотных дивизий, три батальона царандоя, оперативно-боевой отряд Управления СГИ (служба государственной информации), а также подразделения 201 МСД (мотострелковая дивизия) советских войск. Кроме основных сил в войсковой операции приняли участие оперативные группы «Каскад» КГБ СССР, «Кобольт» МВД СССР. Бандитские формирования ИОА, ИПА, «ДИР», «Насер» понесли большие потери.
За достигнутые результаты в борьбе с бандформированиями, координацию и взаимодействие в реализации разведывательной информации с подразделениями действующих войск, проявленную стойкость, мужество, отвагу В.А. Алиев революционным советом ДРА был награжден боевым орденом «Звезда» III степени.
С 16 апреля по 8 мая 1984 года Вагиф Алиевич Алиев принимал участие в 7-ой Панджшерской крупномасштабной войсковой операции с охватом территорий провинций: Баглан, Каписа, Парван и Тахар.
Находясь на переднем крае борьбы с бандформированиями ИОА Ахмад Шаха «Масуда» и ИПА Саид Падчи «Мансур Хосейни», Вагиф Алиевич координировал с афганскими коллегами разведывательную деятельность, участвовал в переговорном процессе с руководителями бандгрупп, с целью их перехода на сторону народной власти.
За проявленную стойкость, решительность, мужество, смелость при захвате склада вооружения и разгром базы боевиков, склонении 24 бандгрупп на сторону народной власти Ревсовет ДРА наградил В.А. Алиева высокой государственной наградой страны - орденом «Дружбы». Помимо афганских наград Вагиф Алиевич был награжден государственной наградой СССР орденом Красной Звезды.